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コンピュータのこととかのメモ。

Takaaki Yamamoto

東京工業大学において計算機科学と応用数学を学び、 情報科学芸術大学院大学[IAMAS] においてメディア表現を専攻し修了。 現在は digitiminimi Inc. において、インフラエンジニアとして生計をたててている。

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pythonでgmlを読み込む

いきさつ

pythonでグラフデータのフォーマットであるgmlを読み込みたい。 さがしたらnetworkxというモジュールを使うとできるらしいので、試してみる。 描画もできるので試してみる。

準備

インストール

$ sudo apt-get install python-networkx

データの準備

まずグラフのデータを用意します。

$ wget http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/karate.zip
$ unzip -o karate.zip

これでカレントディレクトリにkarate.zip,karate.dat,karate.gmlが作られます。

コード

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.read_gml("karate.gml")
print G.node
nx.draw(G)
plt.savefig("karate.png")

結果

標準出力

{1: {'id': 1},
 2: {'id': 2},
 3: {'id': 3},
 4: {'id': 4},
 5: {'id': 5},
 6: {'id': 6},
 :
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参考URL