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コンピュータのこととかのメモ。

山本 一彰 | Takaaki Yamamoto

東京工業大学において計算機科学と応用数学を学び、 情報科学芸術大学院大学[IAMAS]においてメディア表現を専攻し修了。 2015年にコンビネータ論理を基に計算完備な計算手法 "論理珠算"を開発し、 それを含む体系である"算道"を構成した。 その成果により、 第19回 文化庁メディア芸術祭 アート部門 新人賞 (文部科学大臣賞) を2016年に受賞。 現在はUzabase, Inc.においてSREとして生計をたててている。

技術

Configuration Management Ansible, Cloud-Init, Terraform
Cloud Platform GCP, AWS, Azure, OpenStack
Virtualization, Container QEMU+KVM, Xen, LXD/LXC, Docker
OS Ubuntu, Debian GNU/Linux, CentOS, FreeBSD, ...
Storage Ceph, GlusterFS, ZFS, Btrfs, ...
Router Linux+Netfilter, Quagga, VyOS, Cisco IOS, YAMAHA RTX, ...
Switch Dell FTOS, AlaxalA, NETGEAR, ...
DB MySQL, MariaDB(Galera Cluster), MongoDB
Mail postfix, dovecot, RainLoop
WebApps WordPress, GitLab, MatterMost, Redmine, ...
Monitoring Prometheus, InfluxDB, Grafana, Nagios, Munin, Zabbix
Misc Kubernetes/Istio, certbot, dnsmasq, ...

習得中

SQL PostgreSQL, BigQuery, ...
NoSQL ArangoDB, CouchDB, Neo4J, ...
Misc Proxmox, oVirt, MAAS, NFV, ...

投稿

Rで離散的なグラフを描く

離散構造

ここで言うグラフは頂点と辺からなる離散構造のグラフであって、 一般的な関数の2次元空間への射影ではない。

そんなグラフを描くのは普通の関数よりも難しくて、 Rでも最初からサポートされているわけではないので、 追加のパッケージigraphを用いて描画する。

準備

Rを起動して以下のコマンドを打ち込むとigraphがインストールされる。 3分くらいかかる。

> install.packages("igraph")

データの準備

グラフのデータを用意します。

$ wget http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/karate.zip
$ unzip -o karate.zip

これでカレントディレクトリにkarate.zip,karate.dat,karate.gmlが作られます。

描画してみる

karate <- read.graph("karate.gml",format="gml")
plot(karate)

↑の出力は↓。

描画アルゴリズムを変えてみる

離散グラフの描画アルゴリズムは多数あるが、 igraphに実装されているものをいくつか試してみた。

多次元尺度法(MDS)

plot(karate,layout=layout.mds)

plot(karate,layout=layout.circle)

plot(karate,layout=layout.sphere)

Fruchterman Reingold

plot(karate,layout=layout.fruchterman.reingold)

Kamada-Kawai

plot(karate,layout=layout.kamada.kawai)